L'interesse archeologico di Santo Stefano di Garlate ha origine sul finire del XIX sec. quando, durante i lavori di ristrutturazione dell'edificio seicentesco, emersero materiali antichi riutilizzati nella fabbrica. Nell'abside si scoprono due frammenti marmorei iscritti, formanti un'unica lapide, mentre smantellando l'altare maggiore si recuperarono tre capsule liturgiche. La più grande in marmo bianco conservava all'interno una capsella in stucco gessoso, che a sua volta custodiva una gispanoteca argentea. Quest'ultima, decorata a sbalzo con figure di agnelli, racchiudeva due frammenti di stoffa, un vasetto di vetro e tre lamine in argento decorate con figure di santi.
Giovanni Baserga, parroco di Lanzo d'Intelvi nei primi anni del nostro secolo e corrispondente della "Rivista Archeologica dell'antica Diocesi di Como", analizzò i pezzi pubblicando due scritti. Nel 1903 fornì l'elenco dettagliato dei materiali e l'interpretazione critica delle lapidi, datandole al V sec. d.C.; l'anno seguente approfondì il tema dell'origine, dell'importanza e della diffusione delle capselle liturgiche briantee. I ritrovamenti facevano ipotizzare l'esistenza di un centro di culto già in età paleocristiana.
Nel 1912 la rivista comasca constava di un unico articolo curato dal giovane archeologo milanese Monneret de Villard. Nel suo lavoro, intitolato Le iscrizioni cristiane della diocesi di Como anteriori al XI sec, lo studioso restituiva il catalogo delle lapidi comasche conosciute sino ai giorni suoi, tra queste anche le iscrizioni Garlatesi. L'analisi, come precisa lo stesso autore, non aveva finalità critica, ma, accettando le ipotesi precedenti, raccoglieva tutte le informazioni indispensabili per studi futuri.
Occorre attendere più di cinquant'anni per rintracciare un ulteriore contributo sui materiali Garlatesi: Luciano Caramel accennò ai pezzi nel suo scritto pubblicato ne "La Storia di Monza e della Brianza". L'autore si allineò con le datazioni proposte in precedenza, concentrando maggiormente la sua attenzione sull'ipotesi che la chiesa di Santo Stefano fosse una fondazione paleocristiana, tanto da citarla nell'elenco degli edifici briantei ascrivibili a quel periodo.
Solo alla fine degli anni ottanta, con gli studi realizzati da Marco Sannazzaro, e' possibile accennare a nuove ipotesi critiche sui pezzi. Lo storico ha infatti posticipato di alcuni anni la datazione delle epigrafi, supponendo l'importanza di Garlate anche nell'alto medioevo in connessione con la recente scoperta di un insediamento goto nel vicino Monte Barro. La congettura del legame tra due centri sopraccitati si fonda sul rinvenimento della lapide funeraria che testimonia la deposizione in Garlate de " l'illustis Pierius". Quest'ultimo, identificato come uno dei generali di Odoacre, venne sconfitto ed ucciso in quei luoghi. Il Sannazzaro lascia quindi intendere che solo uno scavo avrebbe potuto confermare le supposizioni prodotte sino a quel momento.

L'interesse e la volontà di don Mario Colombini, attuale Parroco di Garlate, hanno permesso di realizzare un'indagine archeologica presso la chiesa di Santo Stefano. I lavori sono stati coordinati da Prof. Gian Pietro Brogiolo con l'aiuto di Giovanni Bellosi e Loretta Dorattiotto, i direttori di scavo, che hanno vigilato su un numeroso gruppo di volontari. Le ricerche, svoltesi in tre distinte campagne tra 1995 e 1997, hanno indagato una superficie totale di circa mq. 300. E' stato così possibile non solo verificare le ipotesi espresse negli scritti sopra citati, ma ricostruire interamente le trasformazioni del sito dai I sec. d.C. sino agli interventi dei nostri giorni.